วัดบุปผารามวรวิหาร เดิมสร้างมาตั้งแต่กรุงศรีอยุธยา ชื่อว่า วัดดอกไม้ ไม่ปรากฏหลักฐานว่าใครเป็นผู้สร้าง ในสมัยรัชกาลที่สาม ท่านผู้หญิงจันทร์ ภรรยาเอกของสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ดิศ บุนนาค)ได้ทำการปฏิสังขรณ์วัด เนื่องจากเป็นวัดใกล้บ้านท่าน ต่อมาปี พ.ศ. 2391 บุตรชายของท่าน คือ สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) เมื่อครั้งยังเป็นจมื่นไวยวรนาถแลาะเจ้าพระยาทิพากรวงศ์ (ขำ บุนนาค) เมื่อครั้งเป็นจมื่นราชามาตย์ ได้ทำการบูรณะปฏิสังขรณ์ ได้สร้างถาวรวัตถุสำคัญของวัด คือพระอุโบสถ พระวิหาร ศาลาการเปรียญ กุฎีตึกโบราณ 2 ชั้นและชั้นเดียว รวมทั้งกำแพงวัด
ในสมัยรัชกาลที่ 4 พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงช่วยในการบูรณะปฏิสังขรณ์ และพระราชทานนามใหม่ว่า วัดบุปผาราม ช่วงสงครามโลกครั้งที่สอง วันที่ 5 มิถุนายน พ.ศ. 2487 วัดบุปผารามถูกระเบิดทำลาย ทำให้พระอุโบสถ ศาลาการเปรียญ กุฎีตึกโบราณ และกำแพงวัด ได้รับความเสียหายยากแก่การซ่อมแซม เจ้าอาวาสในขณะนั้นพระธรรมวราลังการ (กล่อม อนุภาสเถระ) ได้ดำเนินการก่อสร้างพระอุโบสถ ศาลาการเปรียญ กุฎี และกำแพงวัดขึ้นมาใหม่ วัเมื่อวันที่ 6 พฤษภาคม พ.ศ. 2507